Hipatija bješe kćerka Theona, slavnog filozofa i matematičara, autora komentara na Euklida, na kojem mu je, kako se govori, pomagala kćerka. Kao jedino dijete, od rane mladosti je pokazala duboko zanimanje za filozofiju i matematiku. Otac ju je sa velikom pažnjom i brižljivošću uveo u ove predmete i uskoro je postala jedan od najboljih učenika. Spisi koji su ostali poslije nje, prema Suda enciklopediji, bjehu komentari na Aritmetiku Diofanta Aleksandrijskog, na «Kupasta tijela» Apolona s Pergama, i Ptolomejev «Aritmetički kanon», koji su danas svi izgubljeni.

Dok je živjela u Atini, Hipatija je došla u kontakt sa Neoplatoničkom školom, koju bjehu osnovali Plotin, Porfirije i Jamblih, i odmah se identificirala sa Neoplatoničkim Pokretom. Kasnije, kada je preselila u Aleksandriju, počela je da drži predavanja u slavnom Muzeju, gdje je njeno govorništvo i produhovljena mudrost, njena mladost i nevjerovatna ljepota, počela uskoro da privlači veliki broj učenika i poštovalaca. Pristupila je u interne krugove Aleksandrijskih uglednih porodica, a među brojnim prijateljima stekla je i naklonost dva tadašnja najmoćnija čovjeka: Oresta, Prefekta Aleksandrijskog i Sinesija, Biskupa iz Kirene.

Neoplatonička Škola je dosegla najveći sjaj u danima kada joj je ubrzo prijetilo uništenje. Hipatija se bolje približila Egiptu i razumjela njegove drevne Misterije, nego je to bilo učinjeno u posljednjih hiljadu godina. Njeno znanje o Teurgijama je povratilo praktičnu vrijednost Misterija i kompletiralo posao koji bješe započeo Jamblih stotinu godina prije. Prateći tragove Plotina i Porfirija, ukazivala je na mogućnost ujedinjenja individualnog Jastva sa Jastvom svega. Nastavljajući rad Amoniusa Sakasa, pokazala je sličnost između svih religija i identificirala njihov izvor.

Osnove kršćanskih dogmi su još uvijek bile izložene kad je Neoplatonička škola počela da usvaja metode induktivnog razumijevanja, kojeg je osnovao Aristotel. Od svih stvari, nova državna religija religija je najviše mrzila logična i razumna objašnjenja stvarnosti. Kada je Hipatija proučila metafizičke alegorije hrišćanstva, i analizirala ih na javnom skupu, koristila je oružje kojem se su se fanatični sveštenici mogli suprotstaviti jedino nasiljem.

U to vrijeme aleksandrijski arhiepiskop bio je Ćiril, koji je svoj uspon do moći proslavio serijom ugnjetavanja, usmjerenom prvo na Novićane, a potom i na Jevreje. Iako su Jevreji uživali gostoprimstvo u Aleksandriji, otkako je grad i osnovan, Ćiril je digao ustanak svjetine i napao sinagoge. Nenaoružani i nepripremljeni, Jevreji su bili nesposobni za otpor. Njihovi hramovi za molitve bjehu srušeni na zemlju, sav nakit iz njih bješe popljačkan, a oni sami protjerani iz grada.

Ćiril je ušao u kršćansku historiju kao jedan od crkvenih Svetaca, usprkos vrlo dobro poznatoj činjenici da je pljačkom crkvenih zlatnih i srebrnih posuda, i njihovom prodajom u bescjenje, razbacivao se okolo tim istim novcem. Ali bijedne krađe nisu bile te koje su donijele crnu besmrtnost Ćirilu Aleksandrijskom, u analima historije religija. Njegov stvarni zločin je bio mnogo ozbiljniji – zločin ubistva, smišljeno ostvarenim nad jednim od najplemenitijih karaktera u historiji: nad Hipatijom, posljednjim Neoplatonistom.

I tako se jednog popodneva tokom Velikog posta 414. godine, grupa Ćirilovih redovnika, predvođena Petrom i Riderom, okupila oko Muzeja, gdje je Hipatija upravo završavala jedan od svojih časova. Kočija ju je dovela do ulaza u Muzej, gdje se Hipatija pojavila pred kršćanima. Mračna grupa redovnika, ubica u svojim srcima, izašla je iz svoje zasjede, okružila Hipatijinu kočiju i natjerala je da siđe. Strgli su joj odjeću i odvukli je u obližnju Božiju Crkvu, provodeći njeno tijelo kroz hladne prostorije nejasnih sjena, osvijetljene samo treperećim kandilima i jakim mirisima, i to od ulaza svetilišta do kraja oltara. Dok se tresla oslobođena od svojih mučitelja za trenutak, uzdigla se u svojoj punoj veličini, snježno-bijela naspram mračne horde redovnika, koji su je okružili. Usne joj se otvoriše da nešto kažu, međutim nijedna riječ nije izašla kroz njih. U tom trenutku su je Petar i Rider oborili na zemlju, a mračna gomila prekrila njeno drhtavo tijelo. Mrtvo tijelo su potom vukli ulicama, komadajući meso i kosti o pločnik, a zatim ostatke spalili na lomači.

Tako je Hipatija nestala, a sa njenom smrću i velika Neoplatonička Škola se ugasila. Nekoliko filozofa se preselilo u Atenu, ali Školu im je konačno zatvorio Car Justinijan. Odlaskom sedam posljednjih filozofa velikog Neoplatoničkog Pokreta – Hermije, Prisciana, Diogena, Eulalije, Damaskia, Smpliciusa i Izidora, koji su izbjegli od Justinijanovog progona na Daleki Istok – vladavina mudrosti se ugasila.